PTM Table Example
ex.ptmtable.RdPost-translational modification data under certain environmental conditions.
Format
Dataframe of 497 rows and 72 columns:
- row
Number of PTMs
- columns
Names of drugs that were used on PTMs
- values
Expression as found by mass spectrometry
Examples
head(ex.ptmtable)
#> H3122SEPTM.C1 H3122SEPTM.C2 H3122SEPTM.C3 H3122SEPTM.D1
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA NA
#> H3122SEPTM.D2 H3122SEPTM.D3 H3122SEPTM.PR1 H3122SEPTM.PR2
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA NA
#> H3122SEPTM.PR3 PC9SEPTM.D1 PC9SEPTM.D2 PC9SEPTM.D3 PC9SEPTM.E1
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA NA NA
#> PC9SEPTM.E2 PC9SEPTM.E3 PC9SEPTM.PR1 PC9SEPTM.PR2 PC9SEPTM.PR3
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA NA NA
#> H3122SEPTM.C1.ratio H3122SEPTM.C2.ratio H3122SEPTM.C3.ratio
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA
#> H3122SEPTM.PR1.ratio H3122SEPTM.PR2.ratio H3122SEPTM.PR3.ratio
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA
#> PC9SEPTM.E1.ratio PC9SEPTM.E2.ratio PC9SEPTM.E3.ratio
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA
#> PC9SEPTM.PR1.ratio PC9SEPTM.PR2.ratio PC9SEPTM.PR3.ratio
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA
#> H2228_Crizotinib H2228_DMSO H3122_Crizotinib H3122_DMSO
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA NA
#> HCC4006_DMSO HCC4006_Erlotinib HCC78_Crizotinib HCC78_DMSO
#> ABLIM1 p Y357 27.61196 25.69096 22.98224 25.44069
#> ABLIM1 p Y373 27.06322 26.57687 NA 25.69203
#> ABLIM1 p Y383 21.54854 22.75990 23.36866 20.42808
#> ABLIM1 p Y406 NA 21.71326 NA 22.40795
#> ABLIM1 p Y410 NA 23.54910 NA 21.71637
#> ABLIM1 p Y461 21.25788 22.06819 NA NA
#> HCC827_DMSO HCC827_Erlotinib PC9_DMSO PC9_Erlotinib
#> ABLIM1 p Y357 22.14812 24.14507 22.25124 NA
#> ABLIM1 p Y373 21.23602 23.47407 NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 18.36384 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA NA
#> H1781_Afatinib H1781_DMSO H2286_Dasatinib H2286_DMSO
#> ABLIM1 p Y357 22.11534 23.34082 NA 22.69753
#> ABLIM1 p Y373 20.57274 NA NA 21.84548
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA NA
#> H3122_Crizotinib.1 H3122_DMSO.1 H366_Dasatinib H366_DMSO
#> ABLIM1 p Y357 NA 24.53368 19.81384 22.95927
#> ABLIM1 p Y373 NA 24.19940 NA 21.04293
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 20.17121 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA 16.97936
#> HCC78_Crizotinib.1 HCC78_DMSO.1 PC9_DMSO.1 PC9_Erlotinib.1
#> ABLIM1 p Y357 NA 26.40497 NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA 26.74496 NA 20.45031
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA 22.23412 NA 22.59113
#> ABLIM1 p Y410 NA 23.74878 NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA 18.42730
#> STE.1_Crizotinib STE.1_DMSO H1781_AfatinibRatio
#> ABLIM1 p Y357 20.30095 19.58588 -1.225483
#> ABLIM1 p Y373 18.47207 24.87211 NA
#> ABLIM1 p Y383 NA 20.84827 NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA 21.50480 NA
#> ABLIM1 p Y461 NA 20.03107 NA
#> H2228CrizotinibRatio H2286_DasatinibRatio H3122_Crizotinib.1Ratio
#> ABLIM1 p Y357 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y373 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA
#> H3122CrizotinibRatio H366_DasatinibRatio HCC4006_ErlotinibRatio
#> ABLIM1 p Y357 NA -3.145427 -1.9209991
#> ABLIM1 p Y373 NA NA -0.4863531
#> ABLIM1 p Y383 NA NA 1.2113576
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA 0.8103107
#> HCC78_Crizotinib.1Ratio HCC78_CrizotinibRatio
#> ABLIM1 p Y357 NA -2.458450
#> ABLIM1 p Y373 NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA 2.940581
#> ABLIM1 p Y406 NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA
#> HCC827_ErlotinibRatio PC9_Erlotinib.1Ratio PC9_ErlotinibRatio
#> ABLIM1 p Y357 1.996955 NA NA
#> ABLIM1 p Y373 2.238053 NA NA
#> ABLIM1 p Y383 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y406 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y410 NA NA NA
#> ABLIM1 p Y461 NA NA NA
#> STE.1_CrizotinibRatio
#> ABLIM1 p Y357 0.7150755
#> ABLIM1 p Y373 -6.4000392
#> ABLIM1 p Y383 NA
#> ABLIM1 p Y406 NA
#> ABLIM1 p Y410 NA
#> ABLIM1 p Y461 NA